Kanotsektionen startades 1933 ett år efter att klubben bildats. De första kanotisterna byggde själva sina kanoter. De använde ribbor och mjölsäckar, linoljade och målade. Redan första året fanns deltagare från Vårby med på SM. Det var Axel Häggblad, Thomeé Häggblad och Raul Domeij. Första större tävling som Vårby arrangerade var DM 1938. Träningen bedrevs på Ö-viksfjärden. Resor till och från tävlingarna gjordes med lastbil och med kanoter och kanotisterna nedbäddade på flaket med en pressening över sig.

De första SM-gulden togs av Gustav Söderberg och Sven Wågström på 10.000 meter F 2 (faltbåt) vis SM i Södertälje 1943. Populära tävlingar den här tiden var Tjuvholmen runt, Grisslan Runt samt klubbmatcherna mot Wasa från Finland.

1952 när karriärerna var över för den här första tidens aktiva så upphörde verksamheten. Den återupptogs 1979 med Gustav Söderberg, Stig Ödmark och Rolf Lundgren som initiavtagare och ledare. En framgångsrik era på ungdoms- och juniorsidan inleddes som räckt ända fram till 2000- talet. Många USM och JSM-medaljer har erövrats. Här finns namn som Anneli Genberg, Sabina Lundberg, Mattias Sundberg, Josefin Nordlöw, Annelie Sjöroos m fl. Kvar idag som aktiv är Josefin Nordlöw, senior nu. Josefin är framgångsrik och tillhör landslaget.

Kanotverksamheten flyttades 1987 till Höglandssjön, Florabadet, där en kanotstadion anlades. Bojade banor lades ut på somrarna. Tävlingar genomfördes, bl a Öviks-paddeln. De senaste åren har inga tävlingar arrangerats och verksamhet bedrivs i liten skala.